Все-таки нужно довести до конца и повторить обряд на сороковой день, как полагается. Условие распространяется на все три дня. Однако, считаю, что этот запрет, прежде всего, касается момента непосредственного проведения обряда, чтобы встреча с похоронной процессией не перебила/не сорвала работу. Насколько я понимаю, обряд был проведен уже после завершения похорон, и оператор поступил абсолютно верно в данной ситуации. Поэтому никаких негативных последствий не должно возникнуть, не паникуйте.
Ну и на будущее - планируйте время обрядов таким образом, чтобы исключить вероятность подобных "встреч". Обычно хоронят ориентировочно в один и тот же промежуток времени. Например, у нас, это время от 13 до 15 часов, поэтому, если в этот день делаю определенную погостную работу, то стараюсь выполнить ее рано утром, или же вечером (если для обряда, к примеру, нужна сегодняшняя могила).